知网查重时生成目录的主要作用在于帮助用户更方便地查看和管理文献的重复部分。通过生成目录，用户可以清晰地了解文献中重复的内容，有助于及时发现和处理重复引用的问题，提高文献的质量和原创性。此外，生成目录还可以节省用户整理文献的时间，提高工作效率。

在使用知网查重时生成目录功能时，首先需要选择需要查重的文献，并设置相关参数。生成目录后，用户可以根据目录中显示的重复部分进行逐一核对和修改，确保文献的准确性和完整性。此外，用户还可以根据生成的目录，对文献进行进一步的整理和编辑，使文献结构更加清晰、条理更加分明。